2013年6月14日，国家交通运输部组织部质监站及省、市交通、海事、安监、环保等部门的专家，对太仓港集装箱码头三期工程进行了竣工验收，交通运输部总工程师徐光出席验收会。会议听取了工程建设、设计、施工、监理、审计和试运行等单位有关情况的汇报，工程质量监督机构的鉴定意见和苏州市港口管理局初步验收意见；查验了工程现场，查阅了工程竣工档案资料，核验了工程建设规模、技术标准、概算执行情况及合同履行情况，最后一致认为该工程已按国家批准的建设规模、标准和要求建成，质量合格，同意通过竣工验收，交通运输部水运局副局长李天碧当场向太仓港港务集团有限公司颁发了 《竣工验收鉴定书》。太仓港集装箱码头三期工程顺利通过竣工验收，标志着该工程正式投入运营。
三期工程总投资32.95亿元，建设4个5万吨级集装箱泊位
太仓港集装箱码头三期工程，是国家产业政策鼓励发展的沿海港口深水泊位及水上集装箱运输类项目，是江苏省重点建设的港口项目。工程由太仓港口投资发展有限公司（太仓港港务集团有限公司前身）投资建设，总投资32.95亿元，建设4个5万吨级集装箱泊位（分上下游各两个泊位，上游为9#、10#泊位，下游为13#、14#泊位）及相应配套设施，水工结构兼靠10万吨级集装箱船，总设计吞吐能力200万标箱，泊位长度1309米，码头宽50米，码头前沿设计水深－15.5米，陆域总面积107.76万平方米，码头前沿配置轨距30米、起重量61吨的桥吊12台，后方堆场配置电动轮胎式龙门吊30台。
工程于2006年4月启动前期报批，2008年6月获得国家发改委核准，2008年10月31日完成工程招投标，2008年11月13日全面开工建设。2010年3月完成主体土建施工，2010年8月建成并通过交工验收，2010年12月23日下游13#和14#两个泊位投入试运营（上游9#和10#两个泊位因后方土地为外商所有而无法投入试运营），2013年6月14日通过交通运输部组织的竣工验收，正式投入运营。该工程的建成并通过竣工验收，使太仓港集装箱泊位总数增至10个，集装箱总设计吞吐能力增至435万标箱，集装箱岸线总长达3339米，对提升太仓港集装箱通过能力，完善上海国际航运中心和长江三角洲地区集装箱运输体系，降低苏州企业货物运输成本、加快货物周转量，保障和促进苏州外向型经济的又好又快发展，都具有十分重要的意义。
工程被交通运输部列为“十二五”时期资源节约型港口建设示范项目
太仓港集装箱码头三期工程实行高起点规划、高标准设计、高质量建设，获得江苏省住建厅“扬子杯”优质工程奖，被评为江苏省“精细典型”项目，并且由于其在选址、设计、施工、运营等各环节处处体现“绿色、节能、环保”理念，于2011年11月被交通运输部列为“十二五”时期资源节约型港口建设示范项目。该工程“绿色、节能、环保”的做法主要体现在：
围滩造地，节省土地资源。工程陆域用地总面积为107.76万平方米，其中，4.95万平方米为存量建设用地，102.81万平方米通过围滩造地获得，未占用耕地、农用地，结合工程段长江滩涂资源及现状，土地资源综合利用、节约利用效果明显。
∑学规划，节约岸线资源。长江深水岸线是不可再生的自然资源，十分稀少、寸线寸金，非常宝贵。为充分、合理地利用长江深水岸线资源，工程设计者进行了统筹规划、精心设计，充分挖掘相邻已建码头设施，与相邻码头相互交叉带缆，在满足设计5万吨集装箱船舶靠泊的前提下，将所需岸线长度从原来的1352米，缩短至1309米，节约岸线43米。
采用计算机模拟技术，规划设计港区交通。采用计算机仿真模拟技术，对码头关键部位的运输作业，如码头前沿装卸作业、堆场堆取箱作业、口门接收箱作业等，进行科学的分析与评价，找出问题瓶颈，提出解决方案，指导码头总体交通规划设计。通过这一技术，优化了太仓港集装箱码头三期工程总体交通规划设计，提高码头运输和作业效率，实现了高效节能。
采用免压蒸制桩新工艺，降低工程建设能耗。码头建设过程中需采用大量PHC管桩。传统的PHC管桩生产工艺中，砼的养护方式为常压蒸养与高温高压蒸养，这种制桩工艺所消耗的能源较大。在太仓港集装箱码头三期工程施工过程中，对传统的压蒸制桩工艺进行了改进，创新推出免压蒸制桩工艺，使制桩能耗和成本大大降低。据测算，由于在该工程中采取了免压蒸制桩新工艺，与传统工艺相比，共节约成本250万元。
配置节能环保设备，降低作业能耗和噪音。加大资金投入，该工程30台场地龙门吊全部配置电力驱动式（ERTG）。据测算，与传统的柴油动力式（RTG）相比，一氧化碳排放减少90%，碳氢化合物减少90%，氮氧化合物减少73%，粉尘排放减少66%，废油等废弃物减少95%，噪音污染也大大降低，操作环境极大改善。同时，运行成本大幅降低，按该工程年吞吐量200万标箱计算，每年可节约成本约1400万元，节约成本78%左右。
试运营情况良好，上半年完成吞吐量同比增长50%，将全面投入运营
2010年4月，太仓港口投资发展有限公司成立太仓港正和集装箱码头有限公司，注册资本1000万元人民币，经营太仓港集装箱码头三期下游13#、14#两个泊位。公司成立后，在短时间内完成了运营组织架构设置、人员招聘和培训、企业制度建立、码头设备调试等工作，并于2010年11月正式开展运营。公司运营以来发展迅速，今年上半年完成集装箱吞吐量比去年同期增长50.7%。
航线引进成效明显。截至目前，已引进10多家船公司26条航线挂靠码头，其中中日、中韩等外贸航线2条，至青岛、厦门、汕头、广州黄埔等内贸干线5条，上海港外贸支线3条，长江支线16条，每月靠泊集装箱船舶420艘次。同时，船舶大型化趋势明显，今年已有中谷新良公司将原来舱位为289标箱的船舶改为1744标箱的船舶，太仓港集装箱海运有限公司将日本、韩国航线承运船舶由400多标箱全部改为600多标箱。
作业效率快速提升。与太仓港集装箱一期、二期码头公司开展联合作业，共同提升作业能力。建立和完善各项生产制度，加强生产管理和作业人员培训，不断提升装卸效率，码头装卸效率从最初的26.3标箱/小时，提升至目前的28.2标箱/小时。